21世紀新台灣宣教運動
在20世紀末，台灣基督長老教會為了面對新世紀，探索台灣教會的宣教使命，在總會研發中心努力下，邀請教會不同範疇的牧者與信徒，歷經一段頗長的時間腦力激盪及研討，回顧台灣社會自從解嚴以後，社會力澎湃展現，再加上全球化資本經濟的影響，台灣人民經歷內外情勢的衝擊，面對多元化的張力，加上身份認同的模糊和新秩序未及建立，導致整個社會失序，人際關係緊張，人的心靈被掏空或扭曲。台灣社會的問題逐漸從結構性的束縛，轉向人文、心靈的腐化與污染。終於在1999年4月經總會通過「21世紀新台灣宣教運動」作為全體教會的宣教運動。以靈命更新與社區、部落宣教為這一個宣教運動的兩大支柱。
我們深切地認識到，宣教的使命與決心必須有按部就班的行動指引才能夠實現。它不是只說憑著信心，畫個大餅，定個目標，就去執行，而是必須考量各項情境及我們的資源，再加上信心、熱誠，並且要發展出具體可行的方案。因此除了繼續強化已在教會內部推行的新眼光讀經與禮拜、靈命更新等運動外，對外也邀請台灣全國各地在社區、部落參與有經驗的教會、機構或個人，就其經驗寫成各種類型的社區宣教方案，供各教會參考。
營造共同體，落實上帝國
在宣教130週年（1995年）時，總會看見當時台灣社會的問題，提出心靈改革的宣教方向，後來成為社會的共識。後來在「21世紀新台灣宣教運動」中，為了更能實踐「營造共同體，落實上帝國」的宣教，就收集並提供不同類型的宣教方案供教會參考實施。方案的重點是放在教會處身的社區、部落與社群，以基督信仰的愛與認同，如芥菜種、麵酵一般，從微小開始，以謙卑的態度出發，在社群中發揮更新與營造的力量，期盼最終能把上帝國的福音見證、落實在台灣社會中。
為了達到此宣教目標，一方面對內以「靈命更新」來達成學習委身的信仰深化。在這方面又分兩方面進行：一是推行新眼光讀經運動，培育信徒對上帝話語的洞見，發現上帝對台灣人民的拯救計畫；二是以靈性塑造、禮拜更新兩項事工為依據，藉著靈修、祈禱的生活，來更新信徒靈命，進而委身重建台灣人民與社會的心靈。另一方面是對外以「心靈重建」為方針，參與整個社會推行共同體的營造運動，分別推動社區／ㄍ部落營造、社群營造和人類合一見證，以行動參與教會或信徒所處身的社區、部落和社群中，從事服務與愛心的見證。藉著共同體的營造，來達成落實上帝國在台灣的目標。這段期間持續出版新眼光讀經運動的資料，以及各種事工方案供教會參考。
一領一，新倍加
後來為了紀念宣教150週年（2015年），於2010年總會時通過推行「一領一、新倍加」宣教運動（簡稱「新倍加運動」），是建立在「21世紀新台灣宣教運動」的基礎上，但在這世代實況中提出「新」的內涵與方式，也就是將「上帝的宣教」之整全宣教六面向：宣揚福音、培育上帝的兒女、愛心服事、社會改造、關懷受造界、福音與文化，加以深化與落實，成為事工規劃及執行之架構。這些年來又出版了「少年新眼光」讀經資料，以更貼近青少年人的方式來推動讀經，同時更完成了全套的信徒培訓之教材，使教會能更廣泛地使用。
從近二十年來所推動的這兩個宣教運動，「21世紀新台灣宣教運動」好不容易才擺脫以量為目標的「二OOO福音運動」，而以較具體的方式來推動宣教，並且相信這樣的宣教自然會帶來量的增長。但這個運動才推動十年，又再度推出「新倍加運動」，使在推動宣教時又再次落入量的考量，也使在宣教理念及策略論述上也出現首尾錯置的困窘。從當時文件的往來就知道又是以數量來分配如何才能達到倍加的目標。其實內容差不多還是照著21世紀新台灣宣教運動的方向在走，甚至是出版了更多、更完整的教材來供推動宣教時的使用，只是論述起來似乎就失去了力道。
未來宣教需面對的問題
未來教會如果要使宣教之路走得更穩健，有下列問題需要面對：
- 重新詮釋權力在基督信仰中的意涵
從教牧人員的強調權柄和順服，已經使教牧人員陷入權力的漩渦，與聖經「為首的要成為僕人」來服事人的教導已經越來越遠。教會界熱衷追逐權力已經越來越明顯，甚至是赤裸裸的展現。這些年來教會機構的權力傾軋、牧者與教會間的緊張、教會長執與信徒之間的張力，這些都成為教會內耗能力的主因。有時也因為牧者缺乏能力處理複雜的人際關係，只好訴諸「順服神權」的領導方式，消滅雜音，其實不是消滅，只是暫時使之不浮現，或者是使不同的意見隱藏在檯面下而已。教會必須重新解釋權力的內涵，早日導正，避免權力的腐化和濫用。權力的濫用已讓信徒感受到說與做兩者之間的不一致，這慢慢的在傷害彼此之間的信任感。權力的濫用也已經扭曲了耶穌基督的教導和祂以身作則的生活樣式。
- 教會應該重視神學的思辨
教會因為長年來重視增長，以企業經營的方式重視效率、投資在最明顯有果效的地方，這就像我們一直發展應用科學，卻忽略了基礎科學一樣；其實基礎科學是應用科學的基礎工程。也像現代企業專業經理人一樣，不關他用什麼理論和方法，只要能將企業起死回生賺大錢，他就是好的專業經理人，但一味地講求績效利潤的結果，就是各種血汗工作層出不窮。我們信仰所看的是多面向的結果，而非單一層面。基督教的信仰有很多方面都是逆理，都不是順著人性的喜好而行，反倒是挑戰著人傾向安逸的本性。建立深厚的神學基礎可以幫助基督徒看清事情的本質，而不會隨著流行的風飄搖，也不會將成功只建立在表面的榮盛，而是會更看重內心的悔悟與表裡一致的生命表現。重視神學會讓我們更有遠見，以更開擴的信仰來探測未知的事物，使我們能更執著於真理的追尋，而不怕辛苦；也不會因為別人比較快速的果效，就急於學習仿效。神學的思辨會幫助信徒建立更深厚的信仰基礎，才能在遽變的時代中，面對層出不窮的新問題，找到應對得宜的方法。
- 要認清是真正建立上帝國，還是建立自己認為的上帝國？
教會的領導人必須很仔細的分辨，到底我們是建立什麼樣的上帝國？是以地上君王的國度的思維邏輯來建立這樣子的上帝國，或者真的是按照聖經中耶穌所談論的上帝國的樣式，而朝著這個方向在進行？聖經中耶穌所講的「好撒瑪利亞人」的比喻，我想這時代的教會應該都懂，也會去做，只是不經意之間會有選擇性地去做。按著人性會去選擇少付出、少冒險，而效益較高，人們又看得到的，比較容易得到迴響和回饋的；而那些艱難的、需長時間付出的，特別是那些吃力不討好的，人們不容易看到的，就留給有心的去做就好了。
很多教會以為事工很多，訓練節目也很多，裡裡外外都忙碌，以為這就是興旺，但事實上卻疏於處理人內心真正的問題，以至於人內心及外表起了衝突，但是卻必須保持外表的熱心及敬虔，好讓人感受不到他的問題，因為彼此已經學會「所謂熱心虔誠基督徒」的說話和表達方式，這樣就形塑了人的雙面信仰，於是內心的掙扎總是揮之不去。基督徒變成是「說得一口流利的十字架的道理」，而實質上卻是盡量避免自我的犧牲，想以自己輝煌、富裕、成功的人生來見證。
- 真實面對信仰挑戰
信仰所面對的挑戰很多，我們必須實實在在地去面對，無法閃避，我們不能一方面虔誠地呼喊著主啊，主啊；但另一方面卻又是盡量挑選著比較容易走的道路，而閃避那難走的路。將來有一天若上帝回答不認識我們的時候，那我們豈不是成為耶穌所說的「偽善的人」了嗎？該引以為鑒！